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El agente Fox William Mulder es un psicólogo que ha estudiado en Oxford con memoria fotográfica, una de los mejores agentes de la división de crímenes violentos del FBI, aunque no esté de acuerdo con sus superiores ni compañeros sobre el interés de los "Expediente X" del departamento. Durante sus primeros tres años en el FBI se enfrentó a estos expedientes encontrándose con fenómenos inexplicables.
Mulder se le conoce en el FBI como "Siniestro" [Piloto, Young at Heart] debido a su increible capacidad de procesar información y llegar a conclusiones lógicas y a su interés en los fenómenos paranormales. Se le considera un "bala perdida", una persona que pierde el tiempo y el dinero, y su opinión tiene poco valor en el area del FBI. Debido a un incidente en una de sus primeras misiones en el FBI (un joven agente fue asesinado) [Young at Heart], el sigue sus investigaciones con el cuaderno, en vez de usar sus propios instintos y métodos. Toma notas para sus informes de campo en un diario escrito a mano [Born Again]. Su alias favorito es George Hale [Little Green Men, Sleepless].
Creemos que Mulder no tiene una vida propia, como hemos visto en sus actividades fuera del deber. De todos modos, mucho de esto podría tener que ver con la relación que tuvo en Oxford 10 años antes con una mujer que trabaja ahora en Scotland Yard (Phoebe Green[Fire]). El parecía estar enamorado de ella, pero no al revés. Con la disolución de los expedientes x Mulder podría haber intentado revivir su vida social: un mensaje en el contestador le criticaba por haberse perdido una cita para cenar [Little Green Men]. Un personaje que se hace pasar por él para seducir a Scully lo llama 'fracasado' [Small Potatoes], por no haber entablado nunca relación fuera del trabajo con ella. Scully lo consuela diciéndole que ella no lo considera así, a lo que él responde disgustado que ya, pero que él tampoco es ese personaje (para seducirla).
Mulder nació el 13 de Octubre de 1961 [Paper Clip]. Sus padres parecen haberse separado. Su padre, Bill, trabajó en un proyecto secreto para el Departamento de Estado, y fue asesinado por Krycek antes de decirle a Mulder secretos sobre su pasado. [Anasazi]. La madre de Mulder le confirmó que Samantha había sido secuestrada para asegurarse el silencio de su padre sobre sus actividades encubiertas. [Paper Clip]
Tiene pánico al fuego [Fire], que pudo ser adquirido durante el rescate de los hijos Sir Malcom Marsden. Es también un fan de la NASA. [Space]. Le encanta comer panizo (hábito que comparte con su padre [Aubrey]), y hacer comentarios graciosos que han empezado a llamarse "mulderismos".
Mulder es daltónico [Wetwired], disfruta poniendose corbatas un poco salvajes para trabajar, y es un fan de los New York Knicks [Beyond the Sea, Little Green Men] así como de los Washington Redskins [Irresistible]. Tiene una debilidad por el rock clásico [pequeñas referencias, Beyond the Sea, Genderbender] y las películas clásicas de ciencia-ficción [Tooms, Erlenmeyer Flask], y un te helado es su bebida no alcohólica preferida [Tooms]. También se mantiene en forma corriendo [Piloto, Deep Throat, Humbug] y nadando [Duane Barry].
Parece que Mulder tiene cierto interés en la pornografía -- en "Jersey Devil", vemos a Mulder mirando las páginas centrales de una revista para hombres, comentando como la mujer de la revista insistía en haber sido abducida por extraterrestres; en otro episodio, Scully comenta que no había visto a Mulder tan excitado desde que lo pilló viendo las noticias en vídeo para adultos; otro episodio menciona una subscripción a 'Celebrity Skin', aparece viendo un vídeo porno [3]. Además, también es un asíduo de los teléfonos eróticos, que usa bajo el seudónimo de Martin. En un capítulo, vemos como en su contestador una voz femenina que se hace llamar 'Chacal' le deja un mensaje en el que dice que hace tiempo que no llama y que habían tenido que bajar las tarifas a 40 centavos el minuto sólo para él [Small Potatoes]. Como psicólogo, está a favor de usar la regresión hipnótica como una herramienta de cura psicológica, y detesta el uso de medicación innecesaria.Su fascinación con los fenómenos paranormales surge de un incidente ocurrido en su niñez -su hermana Samantha desapareció de su hogar en Chilmark, Massach. (650 habitantes) cuando él tenía 12 años y ella 8. Mulder insiste en que ella fue raptada por extraterrestres: durante regresiones hipnóticas recordó oir los gritos de auxilio de su hermana, y una luz brillande que lo paralizaba y le decía que no se preocupase, que su hermana estaría bien [Conduit]. Este recuerdo difiere un poco del sueño que Mulder tuvo una noche [Little Green Men]. Mulder estableció contacto con un híbrido extraterrestre que aseguraba ser Samantha y un cazador de recompensas le dijo que su hermana estaba viva. El ha prometido continuar su búsqueda [Colony/End Game].
El ascenso meteórico de Mulder en el FBI le permitió hacerse amigos bien situados en el Congreso, uno de ellos el impulsor del SETI e influyente senador Richard Matheson [Little Green Men]. Estos contactos lo han salvado del castigo de otros más poderosos, aunque le asignaron un compañero con la idea de desacreditar lo que hiciese de modo que pudiese ser despedido. De todos modos, Mulder encontró un aliado, un poco extraño, en un indivíduo conocido como Garganta Profunda. [Deep Throat, Fallen Angel, Eve, Young at Heart, E.B.E., Erlenmeyer Flask].
Garganta Profunda fue asesinado por un asesino igualmente misterioso durante un intento de rescatar a Mulder. Mulder confirmó su entierro en Arlington "a través de unos prismáticos a mil yardas de distancia".[Little Green Men]. Pero pronto consiguió un segundo confidente, alguien conocido como X. [Sleepless]. Este hombre misterioso sería de menos ayuda para Mulder que el anterior. A Mulder le aseguró un individuo desconocido que el tiene un "amigo en el FBI" [The Host]. Este amigo ha sido identificado como el Director Adjunto Skinner [Paper Clip].
En el fin de la primera temporada, los "expedientes x" eran cerrados y Mulder reasignado a vigilancia telefónica. [Little Green Men, The Host]. Se le dió un nuevo compañero, el agente especial Alex Krycek [Sleepless, Duane Barry, Ascension], un agente más joven que pretendía ser un creyente, no sólo en las ideas de Mulder sino en el mismo Mulder.
Pero los días de Mulder de esta forma estaban contados. Skinner indirectamente agradecía al departamento de expedientes x de haber servido al FBI resolviendo con éxito los caso más extraños [The Host] y sacando a la luz información que algunos preferirían mantener enterrada. [Ascension] Tras la desaparción de Dana Scully, Skinner reabre oficialmente los expedientes [Ascension].
Al final de la segunda temporada, Mulder obtiene un documento clasificado por el Departamento de Defensa, un documento codificado en navajo que parece tener información sobre una posible operación encubierta del gobierno desde hace 50 años. Sus rivales tratan de desacreditarlo adulterando su agua con una sustancia que lo hace violento. Su padre, que tenía que ver en la operación, es asesinado, con Mulder como el primer sospechoso.
Escondiéndose con Scully, Mulder termina en Nuevo México investigando evidencias que prueban la validez del documento secreto. Fue perseguido por El Hombre de los Cigarrillos, que intenta matarlo. [Anasazi]. El disco se encuentra ahora en posesión del Hombre de los Cigarrillos. [Apocrypha].
Mulder se recuperó gracias a la intervención de los navajos y volvió a la costa este para recoger los efectos personales de su padre muerto, encontrando una foto de los 70 de un grupo interesante de hombres. [The Blessing Way] De regreso a D.C., se encuentra con Scully y recibe ayuda de los Pistoleros Solitarios y uno de los hombres fotografiados para descubrir la localización secreta de los expedientes concernientes a la operación encubierta: registros médicos y muestras de niños vacunados en los 50 y los 60, incluida Scully. En la huida de sus oponentes son ayudados por Skinner, quien negocia un trueque con el Hombre de los Cigarrillos para la vuelta de los agentes y su salvaguarda.
Al fin de la temporada 3, en busca de otro grupo de clones extraterrestres, Mulder recupera un arma que parece ser la única forma de matarlos, y se enfrenta con un alien que se puede transformar que supuestamente destruyó los clones de su hermana que vivían en la Tierra.
Al final de la cuarta temporada, desesperado por descubrir lo que ocurrió en su infancia, se somete a una terapia para descubrirlo que ha hecho que varias personas se suiciden [Demons]. Poco despues [Gethsemane], embarca hacia Canadá, en busca del cadáver congelado de un extraterrestre. Tras realizarle unas pruebas médicas ya en Estados Unidos, el cadáver desaparece. Scully le presenta a un hombre de Defensa que le confiesa que toda su vida es una tremenda mentira desarrollada por el Gobierno: desde la hipnósis hasta la historia de su hermana, incluyendo la enfermedad de Scully, provocada para engañarlo. Sumido en una gran crisis agravada por los efectos de la terapia [Demons], Mulder se suicida [Gethsemane] en su apartamento. Scully lo identifica.
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